Статья 40 Временного положения 1878 года определила: «Предметы преподавания в военно-юридической академии разделяются на предметы специального военно-юридического курса и предметы общего юридического курса. К специальным предметам были отнесены:
1) военно-уголовные законы русские и важнейших иностранных государств;
2) военно-уголовное судопроизводство;
3) военно-административные законы.
К предметам общего курса принадлежат:
1) уголовное право с уголовным судопроизводством;
2) государственное право;
3) гражданское право;
4) гражданское судопроизводство;
5) история русского права;
6) энциклопедия права;
7) полицейские законы;
8) финансовые законы;
9) основания международного права;
10) церковное право;
11) судебная медицина.
Впоследствии перечень ст. 40 был пополнен тремя предметами. По предложению главного военного прокурора, определением конференции 23 сентября 1878 года, с утверждения военного министра введено было преподавание тюрьмоведения. С 1880–1881 учебного года в специальном курсе началось чтение истории русского военно-уголовного законодательства и военно-уголовного судопроизводства важнейших иностранных государств.
Впрочем, с 1881–1882 учебного года преподавание тюрьмоведения было оставлено и не возобновлялось».
Практическим занятиям по военно-уголовному судопроизводству, особенно второй их форме, придается в академии весьма важное значение, пожалуй, даже большее, чем они могут иметь на самом деле.
Они имеют целью: а) ознакомление слушателей с формами, обрядами и практическими приемами уголовного процесса; б) приучение слушателей к логически-грамматическому построению своих мыслей в формах судебного письма и речи; в) упражнения слушателей в правильном применении к делу общих и военных уголовных законов и учений судебной медицины. Все эти цели достигаются, бесспорно, посредством устройства суда из самих слушателей, но лишь в известной степени, ввиду крайнего разнообразия практических приемов уголовного процесса и полной недостаточности нескольких упражнений для того, чтобы научиться правильно прилагать к делу законы
Шесть профессорских кафедр с 1878 года заняли:
Н. А. Неклюдов - уголовного права,
Е. Д. Кавелин — гражданского,
Н. А. Панов - государственного,
Я. А. Нелюбов — военно-уголовного,
В. М. Владимиров - военно-уголовного судопроизводства
П. Ф. Лузанов - военно-административных законов.
Из них до настоящего времени выбыли только двое, оба за смертью: К. Д. Кавелин умер в 1885 году, а Я. А. Нелюбов умер в 1888 году.
Преподавателями штатными и нештатными в 1878 году были назначены:
В. И. Штольц - судебная медицина;
Н. Ш. Горкунов - международное право и государственное право иностранных держав;
С. А. Бернштейн - энциклопедия права;
И. Я. Сандрыгайло - финансовое право;
В. П. Альбов - церковное право;
Н. А. Грифцов - полицейское право;
Э. Э. Эвальд и Д. И. Ефимов - русскоий язык;
А. фон Бидерт - немецкий язык.
В 1882 году, приказом от 10 марта № 74, учреждена должность адъюнкт-профессора по уголовному праву.
Из 490 выпущенных офицеров (в том числе 10 офицеров сербской и болгарской национальностей), 379 поступили на службу в военные и военно-морские судебные ведомства.
При выпуске из Академии офицеры делятся на два разряда:
а) к первому разряду относятся те, кто получил средний балл не менее 10 по всем предметам, кроме языков, и не менее 10 баллов за письменную работу, а также не менее 9 баллов по каждому из главных предметов.б) ко второму разряду относятся те, кто получил средний балл не менее 9 по всем предметам, кроме языков, и не менее 8 баллов по каждому из главных предметов, а также не менее 6 баллов за письменную работу и по языкам. Офицеры, не удовлетворяющие этим условиям, считаются не окончившими курс и отчисляются из Академии.
В период 1868–1876 гг. окончило Академию 238 офицеров, а в период с1880 по1891 гг. - 252 офицера.